FIE raamatupidamine on omapärane seetõttu, et see võib olla kassa- või tekkepõhine. Kuni käibemaksuga maksustatava käibe tekkimiseni (16 000 eurot) saab FIE raamatupidamine olla teostatud kassapõhisena, ükski seadus ei kohusta neid tekkepõhisele üle minema.

Kuna aga raamatupidamis- ja maksuarvestust on hädavajalik korraldada nii, et kontrollijal oleks mõistliku aja jooksul võimalik saada ülevaade tehingute toimumisest ning maksustamise seisukohast tähendust omavatest asjaoludest, võib ette tulla olukord, kus ainult kassapõhisest raamatupidamisarvestusest ei piisa. FIE raamatupidamisandmete lõpptarbijaks võib olla peale tema enda ning tema maksuametniku veel näiteks ka pank või muu toetusrahaandja (nt EAS või PRIA), kellele on vaja mingi konkreetse kuupäeva seisuga esitada infot FIE ettevõtluse varade, kohustuste ja tulemi kohta, ning sellisel juhul on kõige efektiivsemaks FIE raamatupidamisarvestuse korraldamise viisiks tekkepõhise raamatupidamise sisseseadmine.

Tekkepõhise raamatupidamisarvestuse korral kajastatakse majandustehingud vastavalt nende toimumise ajale, sõltumata sellest, kas raha on laekunud või tasutud. Kassapõhise raamatupidamisarvestuse korral kajastatakse (pannakse kirja või sisestatakse tarkvarasse) finantstehingud aasta algusest kronoloogilises järjekorras, silmas pidades raha tegelikku laekumist või tasumist.

FIE kajastab kõik oma ettevõtlusega seotud majandustehingud raamatupidamisregistris, kusjuures iga tehingu kohta tehtav sissekanne peab sisaldama järgmisi andmeid:

majandustehingu kuupäev;
raamatupidamiskirjendi järjekorranumber;
debiteeritavad ja krediteeritavad kontod ja vastavad summad;
majandustehingu lühikirjeldus;
algdokumendi (koonddokumendi) nimetus ja number.

Käibemaksu- ja tulu- ning sotsiaalmaksuarvestus on sisuliselt kassapõhised raamatupidamisarvestused. Õnneks võimaldavad tänasel päeval mõned raamatupidamisprogrammid lihtsalt tekke- ja kassapõhist raamatupidamisarvestuse pidamist ning aruannete koostamist.

FIE võib olla tööandjaks teisele füüsilisele isikule. Sellisel juhul on tema maksukohustused töötajale tehtavate väljamaksete maksustamisel ja deklareerimisel samad, mis juriidilisest isikust tööandjate puhul, samuti võib FIE oma töötaja(te)le maksta isikliku sõiduauto kasutamise hüvitisi, töölähetuse kulude hüvitisi ja anda erisoodustusi.

FIE enda kui isiku ravikindlustus tekib tänasel päeval Maksu- ja Tolliametis registreerimisest või äriregistrisse kandmisest arvestatava 14-päevase ooteaja möödumisel. FIE ravikindlustus lõppeb kahe kuu möödumisel teatise esitamisest Maksu- ja Tolliametile või äriregistrile ettevõtlusega tegelemise lõpetamise kohta. Info edastamine Haigekassale lasub FIE-de puhul Maksu- ja Tolliametil, kes on kohustatud teatama haigekassale ettevõtlusega tegelemise alustamisest 7 kalendripäeva jooksul ja lõpetamisest 10 kalendripäeva jooksul.