Бухгалтерский учет для FIE является своеобразным по той причине, что его можно вести по принципу учета возникновения сделки и по кассовому принципу. До достижения оборота, подлежащего обложению налогом с оборота (16 000 евро), бухгалтерский учет FIE можно вести по кассовому принципу, и ни один закон не обязывает их переходить на учет по принципу возникновения сделки.

Однако поскольку бухгалтерский и налоговый учет крайне необходимо организовывать таким образом, чтобы у проверяющего лица в течение разумного срока была возможность получить обзор всех совершенных сделок и важных обстоятельств с точки зрения налогообложения, может возникнуть ситуация, когда только лишь бухгалтерского учета по кассовому принципу будет недостаточно. Конечным потребителем бухгалтерских данных относительно FIE, помимо самого FIE и его управляющего налогами, также может являться, например, банк или иная организация, предоставляющая субсидию (например, EAS или PRIA), которой необходимо по состоянию на конкретную дату предоставить информацию относительно активов, обязательств и прибыли FIE, полученной в рамках предпринимательской деятельности, и в этом случае наиболее эффективным способом организации бухгалтерского учета для FIE является внедрение учета по принципу возникновения сделки.

При использовании учета по принципу возникновения сделки хозяйственные сделки отображаются в соответствии со временем их осуществления, независимо от того, поступили ли деньги или были уплачены.

При использовании учета по кассовому принципу финансовые сделки отображаются (фиксируются или вводятся в программное обеспечение) с начала года в хронологическом порядке с учетом фактического поступления или выплаты средств.

FIE отображает все хозяйственные сделки, связанные с его предпринимательской деятельностью, в бухгалтерском регистре, при этом запись, которая вносится в отношении каждой сделки, должна содержать следующие данные:

дата осуществления сделки; порядковый номер бухгалтерской проводки;
дебитуемые и кредитуемые счета и соответствующие суммы;
краткое описание сделки;
название и номер исходного документа (сводный документ).

Учет налога с оборота, а также подоходного и социального налогов по существу ведется по кассовому принципу. К счастью, ряд современных бухгалтерских программ позволяет простым образом осуществлять бухгалтерский учет по принципу возникновения сделки и по кассовому принципу, а также составление отчетов.

FIE может являться работодателем для другого физического лица. В этом случае его налоговые обязательства при налогообложении выплат, осуществляемых работникам, и их декларировании являются теми же, что и в отношении работодателя-юридического лица, а также FIE может выплачивать своему работнику (работникам) компенсацию за использование личного автомобиля, компенсации, связанные с командировками, а также предоставлять особые льготы.

Медицинское страхование собственно для FIE в настоящее время возникает с момента регистрации в Налогово-таможенном департаменте или внесения в коммерческий регистр по истечении 14-дневного срока ожидания. Медицинское страхование для FIE заканчивается по истечении двух месяцев с момента предоставления уведомления в Налогово-таможенный департамент или в коммерческий регистр относительно прекращения осуществления предпринимательской деятельности. Обязанность передачи информации в Больничную кассу Эстонии в части FIE лежит на Налогово-таможенном департаменте, который обязан уведомить Больничную кассу о начале предпринимательской деятельности в течение 7 календарных дней и о ее прекращении в течение 10 календарных дней.